O Fundo Amazônia apoia, com recursos não reembolsáveis, ações de prevenção, monitoramento e combate ao desmatamento. Promove ainda ações que buscam a conservação e o uso sustentável da floresta na Amazônia Legal, além de poder utilizar até 20% de seus recursos no apoio ao desenvolvimento de sistemas de monitoramento e de controle do desmatamento em outros biomas brasileiros e em outros países com florestas tropicais.